Barndomsårene tilbrakte Jens Munk i det sørlige Norge, ved Arendal og i Fredrikstad, og i Ålborg. Han hadde ingen lett oppvekst fordi hans far, den beryktede Erik Munk (d.1594), mistet sitt adelskap og endte sine dager æreløs i et dansk fengsel. Allerede som 12 åring dro Jens Munk til sjøs. Via England og Portugal havnet han etter hvert i Brasil hvor han oppholdt seg i seks år. I 1598 er han så tilbake i Danmark og begynner sin karriere som sjøreisende handelsmann. I 1609 dro han på ei dramatisk reise til Novaja Zemlja. I nordishavet kom ekspedisjonen ut for et forrykende uvær, et skip ble skrudd ned av isen og mannskapet reddet seg med nød og neppe i land ved Arkhangelsk. Året etter la han på nytt ut til samme bestemmelsessted med kongelig instruks om å finne Nordostpassasjen. Denne gangen ble ekspedisjonen stanset av is og måtte snu ved Kildin på Murmankysten.

Den dansk-norske kongen Christian IV ansatte Jens Munk som skipskaptein fra 1611, og i de påfølgende år gjorde han en stor innsats i Kalmarkrigen (1611-13). Deretter fikk han flere betydningsfulle oppdrag både i sør og ved de nordlige breddegrader. Han dro til Spania for å rekruttere baskere til dansk-norsk hvalfangst og fanget datidens mest beryktede sjørøver, Jan Mendoza, ved nordkysten av Russland i 1615. Det tok ikke lang tid før Munk hadde ord på seg for å være blant de dyktigste offiserene innen den dansk-norske fellesflåten. Den dansk-norske kongen Christian IV ansatte Jens Munk som skipskaptein fra 1611, og i de påfølgende år gjorde han en stor innsats i Kalmarkrigen (1611-13). Deretter fikk han flere betydningsfulle oppdrag både i sør og ved de nordlige breddegrader. Han dro til Spania for å rekruttere baskere til dansk-norsk hvalfangst og fanget datidens mest beryktede sjørøver, Jan Mendoza, ved nordkysten av Russland i 1615. Det tok ikke lang tid før Munk hadde ord på seg for å være blant de dyktigste offiserene innen den dansk-norske fellesflåten. Sitt store livsprosjekt satte Jens Munk ut i livet i 1619. Oppdraget gikk ut på å finne Nordvestpassasjen fra Hudson Bay til Stillehavet. Den ambisjonsrike Christian IV hadde en storstilt plan om å kontrollere de arktiske stredene både i nordøst og nordvest og dermed sikre seg tilgang til rikdommene i øst. Man tenkte seg også at nordveien til Japan og Kina (Cathay) var atskillig raskere enn de vanlige handelsveiene. På denne tiden ble det antydet at distansen ved å seile nordover var bare en femtepart av den tradisjonelle ruten rundt Afrika og gjennom Det indiske hav. Med to skuter og ei besetning på 64 sjøfolk la Jens Munk ut fra København i mai. Ferden ble meget dramatisk. Tidens mangelfulle navigasjonsinstrumenter gjorde det vanskelig å bestemme posisjonen. Ekspedisjonen fikk problemer med is- og strømforholdene, kjørte seg inn i en labyrint og bommet på Hudson stredet. Da de etter mange strabaser fant stredet, var det så langt ut på året at Munk ikke så annen utvei enn overvintring i isødet. Ved Munkhavn, munningen til dagens Churchill River i Hudson bukta, overvintret polarekspedisjonen. Underskuddet på C-vitaminer gjorde at sjøfolks verste forbannelse, skjørbuk, spredte seg hurtig i sin verste form blant mannskapet. Da isen omsider gikk i juni 1620, var det bare tre overlevende igjen, deriblant Jens Munk. Utrolig nok klarte han sammen med de to andre å seile den ene skuta over Atlanterhavet til Norge, som de nådde mot slutten av september 1620. Etter bråk i Bergen ble han kastet i fengsel, men løslatt på kongen ordre for så å vende tilbake i København rundt juletider 1620.

Til tross for opplevelsene i Hudson Bay fortsatte Munk som ishavsfarer og diplomat i dansk tjeneste. Som admiral på et marinetokt i 1623 var han til Malmis (Kola By) for å gjengjelde et russisk overgrep på danske handelsmenn. Herjingene i Malmis gjorde stor skade og førte til en meget alvorlig situasjon mellom Danmark-Norge og det russiske tsarriket. I 1624 var han igjen på tokt nordpå, denne gang for å rense farvannene for sjørøvere.

Jens Munk forble trofast i kongens orlogstjeneste inntil han døde sommeren 1628. Selv om han ikke lyktes i sine storslåtte planer, har han fått positivt ettermæle for sine mange sjømannsbragder som arktisk oppdagelsesreisende.