Universitetets geografiske plassering tilsier at UB har et særlig ansvar for å bygge opp samlinger med relevans til nordområdene. I denne samlingen inngår også en samling antikvariske kart. En stor del av UBs nordområdelitteratur befinner seg ved Bibliotek for Tromsø Museum (TMU-biblioteket).

Dette biblioteket huser også Just Knud Qvigstads etterlatte boksamling. Qvigstad (1853-1957) regnes som grunnleggeren av, og en av de mest markante representanter for lappologisk forskning. Samlingen består av anslagsvis 2.500 bøker. Samlingen dekker flere fagfelt, men hovedtyngden omfatter samiske og finske forhold. En del av bøkene er vakkert bundet inn i steinbitskinn av Qvigstad selv.